عمل برنامج الأمم المتحدة للبيئة على حماية وحفظ وإصلاح البحيرات والأنهار ومستودعات المياه الجوفية في العالم، والتي تتعرض لضغوطات متزايدة بسبب الأزمات الثلاث للكوكب. 

انضم برنامج الأمم المتحدة للبيئة إلى لجنة الأمم المتحدة المعنية بالموارد المائية لإطلاق استراتيجية الأمم المتحدة على نطاق المنظومة للمياه والصرف الصحي. كما أصدر برنامج الأمم المتحدة للبيئة ولجنة الأمم المتحدة المعنية بالموارد المائية تقرير حالة منتصف المدة بشأن مؤشرات الهدف السادس من أهداف التنمية المستدامة، والذي حدد توصيات لصناع القرار. وأشار التقرير إلى أن نصف البلدان تشهد تدهوراً في النظم الإيكولوجية للمياه العذبة وأن تدفقات الأنهار تتباطأ في 402 حوض، بما في ذلك تلك التي تضم أنهار الكونغو وبارانا وفولغا. 

عزز برنامج الأمم المتحدة للبيئة نطاق عمله على المستوى القُطري، فدعم الإدارة المستدامة للأحواض المائية في البرازيل والهند، وحفظ أراضي الخث في حوض نهر الكونغو. كما عزز برنامج الأمم المتحدة للبيئة شراكته مع منظمة الروتاري الدولية لتدريب أعضائها البالغ عددهم 1.4 مليون شخص كعلماء مواطنين وقام بتتبع سلامة المسطحات المائية العذبة. 

أطلق برنامج الأمم المتحدة للبيئة، بالتعاون مع العديد من الشركاء، حوار باكو بشأن المياه من أجل العمل المناخي-وهي سلسلة من المناقشات التي تجرى بين الدول وتهدف إلى تعزيز دور المياه في العمل المناخي.