西北太平洋跨越亚热带至亚北极地区，是世界上生物多样性最丰富的地区之一，是成千上万的海洋生物物种的家园。然而，西北太平洋海域和沿海地区的动植物资源日益受到外来物种入侵，栖息地破坏，过度捕捞和气候变化的威胁（IPBES生物多样性和生态系统服务区域评估-2018）。
西北太平洋地区的140多种海洋生物形式被列入世界自然保护联盟濒危物种红色名录。
外来物种主要通过航运、捕鱼和海产养殖活动入侵，捕食本地物种、破坏本地生物栖息地、传播疾病。举例来说，外来物种入侵对中国造成的经济损失达到人民币120,000,000元（约等于17,391,000,000美元）每年。大面积的水产养殖和营养物过度使用也严重威胁该地区的生物多样性。气候变化同样威胁着生物多样性，西北太平洋海域的温度升高速度是全球平均水平的2-4倍。西北太平洋地区沿海环境最重大的变化之一是中型和大型水母数量的激增，对生态系统生产力，生物多样性产生重大影响，并对该地区经济产生负面影响。
尽管对特定生态环境（例如珊瑚礁、河口、海湾等）进行了局部小规模的研究学习，但由于提供的信息极其有限并且缺乏对于整个西北太平洋地区的综合研究， 相关政策制定及管理依然受到限制。尤其考虑到西北太平洋区域内不同地区生态环境遭受的压力具有差异。
西北太平洋行动计划在保护生态多样性方面的工作：
西北太平洋行动计划持续更新维持有关该地区内被列入世界自然保护联盟濒危物种红色名录的物种数据库，并评估该地区内海洋生物多样性受到的压力和影响。
设立海洋保护区（MPAs）是保护海洋和沿海生物多样性的重要手段。然而由于西北太平洋地区受保护的沿海和海洋区域面积不超过专属经济区（EEZ）的4％，远低于联合国可持续发展目标14和（日本）爱知生物多样性目标11中所规定的10％：至2020年，至少17％的陆地和内陆水域以及10％的沿海和海洋区域，特别是针对对生物多样性和生态系统服务保护有重要意义的区域得到管理保护。保护的措施包括有效和公平地管理、具有生态代表性和关联良好的保护区系统以及其他有效的以地区为基础的保护手段。并同时将这些地区纳入 “生物多样性公约”（CBD）。
西北太平洋行动计划与东北亚次区域环境合作计划合作，共同启动了东北亚海洋保护区网络。
根据以下生态质量目标（EcoQOs），西北太平洋行动计划向各成员国提供支持以协助其保护海洋及沿海生物多样性：
- EcoQO1: 人类活动不对生物及栖息地多样性造成显著影响及压力
- EcoQO2: 外来生物不对当地生态环境造成负面影响
考虑到计划于2023年制定的区域海洋沿海生物多样性保护行动计划，生物多样性保护是西北太平洋行动计划在2018至2023年工作的重中之重。
西北太平洋行动计划在生物多样性保护方面的工作极大地支持了联合国可持续发展目标14.2、14.5以及6、13、14、15部分具体目标的实施。
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