NOWPAPの活動は、参加国の各政府によるNOWPAP信託基金への拠出金を主な財源としています。
NOWPAP参加国の代表が集まり毎年開催されている政府間会合（Intergovernmental Meeting, IGM）はNOWPAPの最高意思決定機関であり、NOWPAPの活動方針と事業計画を決定します。
IGMでの決議により、2000年から2001年にかけてNOWPAPの事業を推進する地域活動センター（RAC）が設立されました。
また、2004年11月に地域調整部（RCU）の事務所が日本・富山と韓国・釜山に設置されました。
