行動計画の第31条に則り、参加国政府は「北西太平洋地域の沿岸と海洋の環境及び資源の保護と管理のための信託基金（NOWPAP信託基金）」の設立に合意しました。NOWPAP信託基金は、NOWPAP政府間会合（IGM）が採択した行動計画の実行に必要な資金を提供するもので、IGMの資金調達についての決議に従い、1995年から、参加国各国からの拠出金で回転資金制で構成され、運営・管理は国連の財務規定及びに規則に則っています。また国連の監査の対象となっており、基金の状況については、国連環境計画 局長からIGMへ提出される報告書の中で毎年報告されています。
日本の富山と、韓国の釜山にある地域調整部（RCU）事務所の運営費用と人件費は、日本政府と韓国政府による支援金で充当されており、また、韓国の海洋警察庁からは、MERRACの運営費用と人件費を負担しています。これらの拠出金には、国連環境計画で別の信託基金が作られました。
NOWPAPのIGMでは、RCUが準備する2年ごとの予算の検討、承認を行います。予算は、参加国からの拠出金、政府からの任意の支援金、支援機関によるプロジェクトベースでの寄付金で構成されます。
2018年のNOWPAP信託基金、1995年から2017年までの基金の状況、そして、2018年から2019年の予算については、第22回NOWAP政府間会合の報告書に記載されています。
