El Programa Especial financia el fortalecimiento institucional para la gestión racional de productos químicos y desechos.
La financiación se destina a los países en desarrollo, teniendo en cuenta las necesidades de los países menos adelantados y los pequeños Estados insulares en desarrollo, así como a los países con economías en transición.
El Consejo Ejecutivo aprueba las solicitudes de financiación. Los proyectos aprobados suelen tener presupuestos de hasta US$250.000 a lo largo de 3 años, no obstante es posible solicitar hasta US$500.000, siempre que se cumplan criterios de evaluación adicionales.
El Programa Especial se creó para facilitar y permitir la aplicación de los Convenios de Basilea, Rotterdam y Estocolmo, el Convenio de Minamata y el Marco Mundial sobre Productos Químicos.