根据“行动计划”第31条，成员国同意设立西北太平洋地区海洋海岸环境资源保护与管理信托基金，即西北太平洋行动计划信托基金。该基金的设立为由政府间会议（IGM）通过的行动计划实施提供财政支持。
西北太平洋行动计划信托基金的管理依托于联合国财务条例和细则。该基金的支出来源于根据政府间会议通过的财务安排决定的捐款，此外该基金必须接受联合国的审计。联合国环境规划署执行主任通过向政府间会议提交的报告，每年报告该信托基金的状况。自1995年，西北太平洋行动计划循环信托基金一直持续运营至今。
日本政府与大韩民国政府自愿以现金和实物捐助的方式分别支持位于日本富山和韩国釜山的区域协调办公室的人事与管理费用。此外，韩国海岸警卫队还为海上环境应急防备响应区域活动中心的人员及运营提供财政支持。为此，联合国环境规划署另外另设一单独信托基金。
政府间会议审议并通过由区域协调办公室准备的两年期预算报告。该预算的资金来自成员国的捐款，政府自愿捐款以及个别项目的组织捐款。
各成员国2018年对西北太平洋行动计划信托基金的捐款规模、信托基金账户（1995-2017）状况以及信托基金预算（2018-2019）在第22届政府间会议报告中提供。
